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自定义靶标集的分子对接

31人使用过此工具

用户可建立自定义的靶标集,针对部分或所有自定义靶标集进行分子对接。

分类 : 小分子

  • 详细介绍
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  • 客户评价

用户根据自己感兴趣的靶标建立自定义靶标集合,进行系统的分子对接。

产品功能:(1) 可根据用户选定的自定义靶点,和提交的小分子结构文件,预测并输出自定义靶标集与小分子的复合物结构,并给出对接结合模式分析和结构显示。(2) 预测的复合物结构采用基于知识的对接打分函数以及深度学习模型打分函数进行打分排序给出针对自定义靶标集的打分列表。

输入:自定义靶标集,小分子结构文件smi, sdf, mol2);

输出:自定义靶标集列表及打分文件,信号通路靶标与小分子的结合模式。

白藜芦醇是一种非黄酮类多酚有机化合物,口服易吸收,有抗氧化、抗炎、抗癌及心血管保护等作用[1]本实例以白藜芦醇为小分子配体,对其报道过的一些活性靶点建立自定义靶标集并进行对接。

用户第一次使用该模块时需先建立自定义靶标集,具体步骤如下所示。

第一步:进入界面开始运行。


第二步:添加靶标集。



第三步:为自定义靶标集命名。



第四步:搜索目标靶点,建立自定义靶标集。目标靶点可通过PDB IDTDD ID、蛋白名称、基因名称、Uniprot IDAccession number搜索,示例如图。



第五步:确认靶标集内靶标后提交。



第六步:查看、管理靶标集;自定义靶标集建立后可在“靶标集管理”界面对其修改或删除。



自定义靶标集建立后可进行分子对接,具体步骤如下。

第一步:进入界面,开始运行。


第二步:选择靶标集;如用户有多个自定义靶标集可通过靶标集名进行搜索。



第三步:输入任务名。



第四步:上传小分子配体;配体小分子可在分子编辑器中绘制上传,也可直接输入小分子smiles,或以文件形式上传(文件仅支持sdfmol2格式)。



第五步:阅读免责声明后提交。



第六步:确认上传参数;如需修改点击“再看看”,确认无误后点击“确定”。任务一旦提交无法更改或取消,请用户仔细核对!


结果输出:根据用户建立的自定义靶标集和提交的小分子文件预测并输出最佳的10个复合物结构,并给出对接打分和结构显示,具体说明如下。

第一步:查看结果。


第二步:查看结果报告。



第三步:结果分析。对于用户选中的多个蛋白对应的pdb展开分子对接计算,结果总表呈现如下,包括靶标uniprot ID靶标uniprot accession number、靶标对接打分、靶标AI打分、靶标基因名称、靶标关联的疾病与信号通路以及该靶标对接计算的详情。由于特定蛋白对应多个pdb结构的,我们取多个结构对接打分结果中最低分为该蛋白的最终打分,按照最终打分对所有蛋白靶标排序并得到总表,点击Detail”按钮可查看该靶标对接计算的详细信息。用户也可下载结果文件压缩包用于线下查看对接结果。

第四步:靶标对接详细信息;如下图所示,表中给出每个最优构象对应的TDD IDPDB ID、对接链、靶标名称、基因名称、对接打分和亲和力打分(提交文件前勾选“AI Score”获得,如不勾选则不给出)。对接打分对应化合物的结合自由能值,数值越低结合能力越强(室温下Docking Score1.37logIC50)AI亲和力打分与亲和力正相关,拟合的是-log(Kd)(IC50Kd),打分越高则亲和力越好。



第五步:查看分子视图。

下载文件包说明

压缩包文件说明如下:

1. 子文件夹task 1~task n:子任务文件夹,包含每次对接所用受配体结构文件和输出的结果构象文件:

(1)0.sdf ~ 9.sdf —分别对应该子任务对接产生的10个结果构象

(2)rec.pdb—该子任务对接所用受体蛋白文件;

(3)result.sdf—该子任务对接产生的10个结果构象合集;

2. ligand.mol2—用户输入小分子的mol2格式文件;

3. ligand.smi—用户输入小分子的smi格式文件;

4. uniprot_rank.txt:本次任务进行分子对接实验后得到的总表信息,根据每个靶标最低对接打分排序获得,包括靶标名称(target_name)、靶标uniprot ID(uniprotid)、靶标基因名称(gene_name)、靶标类型(target_type)、靶标uniprot accession number (accession)、靶标通用名称(synonyms)、靶标功能(function)、靶标关联的信号通路(WIKI_Pathway)、靶标关联的疾病(disease)、靶标对接打分(docking points)、AI 打分(ai_points,提交文件前勾选“AI Score”获得,如不勾选则不给出)。

5. result_target.txt:本次任务所进行分子对接实验结果的详细信息,包括子任务TDD ID、PDB ID、对接链(Chain_ID)、对接打分(Dock_affinity)、AI亲和力打分(AI_affinity,提交文件前勾选“AI Score”获得,如不勾选则不给出)、最优构象ID(AI_Best_Index)和子任务文件夹名称(DIR_PATH)。

参考文献

[1] Buryanovskyy L, Fu Y, Boyd M, Ma Y, Hsieh TC, Wu JM, Zhang Z. Crystal structure of quinone reductase 2 in complex with resveratrol. Biochemistry. 2004 Sep 14;43(36):11417-26. doi: 10.1021/bi049162o. PMID: 15350128; PMCID: PMC3650734.




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