分子模拟与CADD服务

PROTAC三元体复合物结构预测与linker设计

• 蛋白-蛋白对接预测三元体复合物PPI相互作用；
• 给出连接原子距离分布，为合理设计linker长度提供线索；
• PROTAC分子构象分析，评估形成三元体复合物的可能性；
• 可对客户提供的linker片段进行可行性评估；
• 可提供基于AI技术的linker自动生成。

蛋白结构模建与相互作用预测

• 基于传统同源模建方法或AlphaFold2进行蛋白单体结构模建；
• 基于蛋白对接方法进行蛋白多聚体结构预测；
• 从蛋白质结构数据库出发，预测与指定蛋白可能发生相互作用的其他蛋白。

虚拟筛选

• 对接引擎采用最新版的AutoDock Vina v1.2；
• 除了Docking score，引入了在活性化合物富集中表现更好的深度学习打分；
• 可提供与已知活性分子的3D align，关键相互作用筛选，相似性分析，聚类，代表分子挑选等后处理方法。

药效团与基于深度学习算法的QSAR模型构建

• 公有数据库中已知活性分子的数据收集与清洗；
• 构象生成与分析；
• 3D align；
• 基于多种深度学习方法的预测性QSAR模型构建。

MD模拟与结合自由能计算

• 长时间MD计算；
• RMSD、RMSF、PCA、H-bond等轨迹分析；
• 构象聚类与分析；
• MMGB/PBSA，FEP结合自由能计算。

聚类、相似性搜索等化学信息学分析

• 基于scalfold或分子指纹相似性的聚类分析；
• 基于2D或3D结构的相似性搜索；
• 子结构搜索；
• 代表结构挑选。