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分子模拟与CADD服务

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PROTAC三元体复合物结构预测与linker设计

  • 蛋白-蛋白对接预测三元体复合物PPI相互作用;
  • 给出连接原子距离分布,为合理设计linker长度提供线索;
  • PROTAC分子构象分析,评估形成三元体复合物的可能性;
  • 可对客户提供的linker片段进行可行性评估;
  • 可提供基于AI技术的linker自动生成。



蛋白结构模建与相互作用预测

  • 基于传统同源模建方法或AlphaFold2进行蛋白单体结构模建;
  • 基于蛋白对接方法进行蛋白多聚体结构预测;
  • 从蛋白质结构数据库出发,预测与指定蛋白可能发生相互作用的其他蛋白。



虚拟筛选

  • 对接引擎采用最新版的AutoDock Vina v1.2;
  • 除了Docking score,引入了在活性化合物富集中表现更好的深度学习打分;
  • 可提供与已知活性分子的3D align,关键相互作用筛选,相似性分析,聚类,代表分子挑选等后处理方法。



药效团与基于深度学习算法的QSAR模型构建

  • 公有数据库中已知活性分子的数据收集与清洗;
  • 构象生成与分析;
  • 3D align;
  • 基于多种深度学习方法的预测性QSAR模型构建。



MD模拟与结合自由能计算

  • 长时间MD计算;
  • RMSD、RMSF、PCA、H-bond等轨迹分析;
  • 构象聚类与分析;
  • MMGB/PBSA,FEP结合自由能计算。



聚类、相似性搜索等化学信息学分析

  • 基于scalfold或分子指纹相似性的聚类分析;
  • 基于2D或3D结构的相似性搜索;
  • 子结构搜索;
  • 代表结构挑选。



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