PROTAC三元体结构预测与linker设计
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预测靶蛋白（POI）、E3连接酶、PROTAC三元体复合物三维结构，评估不同长度linker片段形成PROTAC分子的合理性。
分类 : PROTAC
- 详细介绍
- 实验案例
PROTAC分子可以同时结合靶蛋白与E3连接酶，在空间上拉近两者之间的距离，从而引起靶蛋白在细胞内的降解。PROTAC分子通常由三部分组成：结合靶蛋白的小分子，又称弹头分子（warhead）；结合E3连接酶的小分子配体（E3 ligand），以及连接两个分子的linker片段。Linker片段的设计是决定PROTAC分子降解效果的关键因素之一。这里我们提供了在线的linker设计工具，可以帮助用户评估不同长度的烷基或PEG（2-30个原子）片段对三元体复合物形成的影响。用户上传靶蛋白与弹头分子复合物结构，以及E3连接酶与小分子配体的复合物结构，工具自动评估不同的linker片段并生成相应的靶标蛋白-PROTAC-泛素连接酶三元复合物三维结构。该工具从空间结构、能量状态、化学可合成性等角度全面考虑PROTAC分子的合理性，从计算上评估PROTAC分子对三元复合物形成的影响，最终推荐优化的PROTAC分子结构。
输入：POI与片段分子复合物结构，或E3连接酶与配体片段的复合物结构，选定linker类型（烷基链或PEG链）；
输出：不同长度linker装配获得的三元体复合物结构，构象数及能量评分列表等。
POI与弹头片段分子复合物结构，或E3连接酶与配体片段的复合物结构可从PDB库（https://www.rcsb.org/）检索并下载获得，也可以从蛋白-小分子对接工具获得。若需要构建结构或设计不同于烷基链与PEG链的linker，可联系我们进行定制化人工服务（info@pumeirui.com）。
每次PROTAC预测运算耗费1000点数。时间周期12小时左右。