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基于信号通路的分子对接

28人使用过此工具

根据信号通路可选择该通路相关的内置靶标,针对部分或所有该通路相关的靶标进行分子对接。

分类 : 小分子

  • 详细介绍
  • 实验案例
  • 客户评价

用户对某种型号通路感兴趣, 需要进行系统的分子对接。本工具提供内置信号通路靶标库,用户选定库中某种信号通路,即可进行系统对接。

产品功能:(1) 可根据用户选择的信号通路靶点,和提交的小分子结构文件,预测并输出信号通路靶标与小分子的复合物结构,并给出对接结合模式分析和结构显示。(2) 预测的复合物结构采用基于知识的对接打分函数以及深度学习模型打分函数进行打分排序,给出针对某条信号通路的靶标打分列表。

输入:信号通路名称或信号通路靶标的选取,小分子结构文件smi, sdf, mol2);

输出:信号通路靶标列表及打分文件,信号通路靶标与小分子的结合模式。

 

根据对接靶标结构的数量决定算力消耗和点数。

白藜芦醇是一种非黄酮类多酚有机化合物,口服易吸收,有抗氧化、抗炎、抗癌及心血管保护等作用[1]本实例以白藜芦醇为小分子配体,NRF2信号通路为目标靶点进行对接,具体步骤如下所示。

第一步:进入界面开始运行。


第二步:搜索目标靶点。




目标靶点可通过信号通路名称、信号通路编号、基因名称、蛋白名称和TDD ID搜索,示例如图


第三步:从搜索结果中勾选目标靶点,进行下一步。



第四步:勾选相应的TDD ID



第五步:输入任务名称。



第六步:勾选相应PDB



第七步:上传小分子配体;配体小分子可在分子编辑器中绘制上传,也可直接输入小分子smiles,或以文件形式上传(文件仅支持sdfmol2格式)。



第八步:阅读免责声明后提交。



第九步:确认上传参数;如需修改点击“再看看”,确认无误后点击“确定”。任务一旦提交无法更改或取消,请用户仔细核对!


结果输出:根据用户选择的信号通路和提交的小分子文件预测并输出最佳的10个复合物结构,并给出对接打分和结构显示,具体说明如下。

第一步:查看结果。



第二步:查看结果报告。



第三步:结果分析。对于用户选中的多个蛋白对应的pdb展开分子对接计算,结果总表呈现如下,包括靶标uniprot ID靶标uniprot accession number、靶标对接打分、靶标AI打分、靶标基因名称、靶标关联的疾病与信号通路、以及该靶标对接计算的详情。由于特定蛋白对应多个pdb结构的,我们取多个结构对接打分结果中最低分为该蛋白的最终打分,按照最终打分对所有蛋白靶标排序并得到总表。提供用户上传参数,点击Detail”按钮可查看该靶标对接计算的详细信息。

第四步:对接结果详细信息;如下图所示,表中给出每个最优构象对应的TDD IDPDB ID、对接链、靶标名称、基因名称、对接打分和亲和力打分(提交文件前勾选“AI Score”获得,如不勾选则不给出)。对接打分对应化合物的结合自由能值,数值越低结合能力越强(室温下Docking Score1.37logIC50)AI亲和力打分与亲和力正相关,拟合的是-log(Kd)(IC50Kd),打分越高则亲和力越好。



第五步:查看分子视图。



下载文件包说明

压缩包文件说明如下:

1. 子文件夹task 1~task n:子任务文件夹,包含每次对接所用受配体结构文件和输出的结果构象文件:

10.sdf ~ 9.sdf —分别对应该子任务对接产生的10个结果构象

2rec.pdb—该子任务对接所用受体蛋白文件;

3result.sdf—该子任务对接产生的10个结果构象合集;

2. ligand.mol2—用户输入小分子的mol2格式文件;

3. ligand.smi—用户输入小分子的smi格式文件;

4. uniprot_rank.txt:本次任务进行分子对接实验后得到的总表信息,根据每个靶标最低对接打分排序获得,包括靶标名称(target_name)靶标uniprot ID(uniprotid)靶标基因名称(gene_name)靶标类型(target_type)靶标uniprot accession number (accession)靶标通用名称(synonyms)靶标功能(function)靶标关联的信号通路(WIKI_Pathway)、靶标关联的疾病(disease)、靶标对接打分(docking points)AI 打分(ai_points提交文件前勾选AI Score”获得,如不勾选则不给出)。

5. result_target.txt:本次任务所进行分子对接实验结果的详细信息,包括子任务TDD IDPDB ID、对接链Chain_ID、对接打分Dock_affinityAI亲和力打分(AI_affinity提交文件前勾选AI Score”获得,如不勾选则不给出)最优构象IDAI_Best_Index和子任务文件夹名称(DIR_PATH

参考文献

[1] Buryanovskyy L, Fu Y, Boyd M, Ma Y, Hsieh TC, Wu JM, Zhang Z. Crystal structure of quinone reductase 2 in complex with resveratrol. Biochemistry. 2004 Sep 14;43(36):11417-26. doi: 10.1021/bi049162o. PMID: 15350128; PMCID: PMC3650734.




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