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蛋白-蛋白对接

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蛋白-蛋白复合物三维结构预测工具,为蛋白质结构功能研究提供线索。

分类 : 生物大分子

  • 详细介绍
  • 实验案例
  • 客户评价

蛋白-蛋白复合物三维结构预测对蛋白质功能与分子机制的研究十分重要。这里我们提供两种分子对接方式预测蛋白-蛋白复合物三维结构。

(1) 全局对接:可根据用户上传受体蛋白质和配体蛋白质的三维PDB结构文件,预测并输出能量打分最佳的10个复合物结构,并给出初步的对接结合模式分析和结构显示。

(2) 指定位点对接:如果用户有部分实验信息,可加入结合位点残基信息,进行局部分子对接;指定结合残基的对接准确性比全局对接更高。

输入:受体蛋白质PDB结构文件,配体蛋白质PDB结构文件,位点信息(可选)

输出:最佳的10个复合物结构,打分文件

 

其中受体蛋白PDB结构文件、配体蛋白PDB结构文件可从PDB库(https://www.rcsb.org/)检索并下载获得;若蛋白质仅有序列,可联系我们进行蛋白质结构的同源建模(info@pumeirui.com)。

 

每次对接实验耗费500点数,时间周期2-4小时左右。



 Pdb结构2I25是鲨鱼单结构域抗体PBLA8 与溶菌酶C的复合物结构 [1]。本实例以来自晶体结构2I25PBLA8为受体蛋白,溶菌酶C为配体蛋白进行全局对接,实施步骤如下所示。

第一步:进入界面开始运行

第二步:输入任务名称

第三步:上传受配体文件;本实例使用受体文件为rec.pdb,配体文件为lig.pdb

第四步:设置可选项,不设置则为默认值;本实例中采用了全局对接,这里不选择约束位点。若用户有实验信息,了解哪些残基对结合比较重要,可以考虑选为约束位点残基,进行约束对接。用户如需输出多个对接结果则可更改输出结果数,如不改则默认保存10个构象输出,上限为输出100个构象;配体蛋白默认旋转角度为15°;默认以聚类截断值进行聚类分析,如用户有特殊要求也可在聚类截断值中自行更改聚类分析标准;本实例对接均采用默认值,因此不额外设置可选项。

第五步:阅读免责说明后提交

    第六步:核对信息参数,确认无误后提交。一经提交无法修改或终止,请用户认真核对!


结果输出:根据上传受体蛋白质和配体蛋白质的三维PDB结构文件,预测并输出最佳的10个复合物结构,并给出初步的对接结合模式分析和结构显示。

第一步:查看结果

第二步:查看结果报告

第三步:查看、下载报告

第四步:结果分析

 

表中显示各个构象的编号及其对应的能量打分,得分越低则复合蛋白结构越稳定。

第五步:在线查看分子视图;如图所示,受体文件、原配体文件和对接输出构象都可通过勾选显示。图中显示了原受体结构(鲨鱼抗体PBLA8)、原配体结构(溶菌酶C)以及分子对接得到的TOP1配体构象。在对接中保持受体蛋白坐标不变,搜寻最佳配体结合构象。从图中可见,对接得到的TOP1配体构象与晶体结构中配体构象十分相似,叠合度非常高,可见分子对接可以有效复原该复合物的晶体结构。

        

第六步:分别查看各复合模型中受体与配体接触残基对的能量贡献;10个表分别对应10model: Model1~Model10中受体与配体接触残基对的能量贡献。如图,表一为Model1中受体与配体残基对相互作用能分析表,残基对相互作用能贡献越低,则提示这些界面接触残基对于受体蛋白与配体蛋白的复合物形成具有较为关键的作用如本实例Model1中受体蛋白残基ARG73与配体蛋白残基GLU86相互作用能为-23.59 kcal/mol,则认为此残基对复合物蛋白的形成十分重要。

        


下载文件包说明

1. 子文件夹files包含此次对接所用pdb文件和输出的结果构象文件,说明如下:

4rep.pdb—用于分子对接的受体蛋白文件;

1lig.pdb—用于分子对接的配体蛋白文件;

5TopL1.pdb ~ TopL10.pdb—分子对接预测的排名前十的配体构象;

6TopLall.pdb—分子对接预测的排名前十的配体构象合集;

2minL1.pdb ~ minL10.pdb—排名前十的配体构象优化后的结构文件;

3minR1.pdb ~ minR10.pdb—排名前十的受体构象优化后的结构文件;

2. 子文件夹images”包含此次对接所生成的图片:

1complex_img.png—排名前十的构象与受体蛋白结合模式图;

2model1.png ~ model10.png—分别对应输出的10个构象与受体蛋白的结合模式图;

3model1-residue.png ~ model10-residue.png:分别对应输出的10个构象与受体蛋白残基对相互作用图;

3. report.pdf:此次对接生成的总结报告文件

参考文献

[1] Stanfield RL, Dooley H, Verdino P, Flajnik MF, Wilson IA. Maturation of shark single-domain (IgNAR) antibodies: evidence for induced-fit binding. J Mol Biol. 2007 Mar 23;367(2):358-72.


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