基于深度学习算法的抗原-抗体复合物三维结构预测工具,根据三维结构提供界面接触残基信息及能量贡献,为CDR优化等提供线索。
分类 : 生物大分子
抗原-抗体的复合物三维结构预测,对于抗体优化、疫苗设计等均具有十分重要的价值。抗原-抗体的结合具有明显的三维空间特征,我们采用深度学习算法特别训练了专门针对抗原-抗体复合物结构进行预测的分子对接工具。
(1) 全局对接:可根据用户上传抗体蛋白质和抗原蛋白质的三维PDB结构文件,预测并输出最佳的10个复合物结构,并给出初步的对接结合模式分析和结构显示。(2) 指定位点对接:如果用户有部分实验信息,可加入结合位点残基信息,进行局部分子对接;指定结合残基的对接准确性比全局对接更高。
输入:抗体蛋白质PDB结构文件,抗原蛋白质PDB结构文件,位点信息(可选);
输出:最佳的10个复合物结构,打分文件。
其中抗体蛋白PDB结构文件、抗原蛋白PDB结构文件可从PDB库(https://www.rcsb.org/)检索并下载获得;若蛋白质仅有序列,可联系我们进行蛋白质结构的同源建模(info@pumeirui.com)。
每次对接实验耗费500点数,时间周期2-4小时左右。
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